ネットから注文できる印刷業者をまとめました。
チラシやはがき、名刺、リーフレットなど、総合的に印刷物を取り扱っているところに絞ってします。
プリントパック

ネット印刷では一番有名かもしれません。考えられるほぼ全ての印刷物に対応しているのではないでしょうか。これだけ知名度があれば安心して使える業者だと思います。
ラクスル

一時期CMをやっていたので有名です。プリントパックに次いで有名なのではないでしょうか。ほとんどのジャンルに対応していると思いますが、チラシの安さに力を入れている感じです。
グラフィック

株式会社グラフィックは、デザインや撮影、WEB制作などもやっているので、全体的にクリエイティブな印象が強いです。サービス内容も、印刷クオリティに対するものが多くあります。
キングプリンターズ

サイトが見やすいです。箔押しやホログラムなどの特殊印刷にも対応してるところが特徴的です。ジャンルとしては、そこまで広範囲ではないですが、必要なものは全部揃っている感じです。
プリントネット

フロアサイン印刷という商品が特徴的だと思いました。姉妹サイトのプリントプロと合わせると取り扱うジャンルは広範囲です。
印刷通販JBF

このページはごちゃごちゃしているのですが、JBFの企業サイトは非常にかっこよく、印刷に対するクオリティや思想が伺えます。
イロドリ

取り扱うジャンルは少し少ないですが、 デザインも依頼できるところが特徴的なサービスです。
プリントプロ

プリントネットの姉妹サイトです。ポスター・名刺・冊子など平ものを中心としたサービスです。プリントネットよりも手軽で安く、というコンセプトのようです。
アドプリント

サイトのタイトルタグにもあるように、名刺・シール印刷をメインとしていますが、USBメモリや缶バッチなどのノベルティにも対応しています。
スプリント

オールジャンルな印刷業者です。面白いところは、CDジャケットやTシャツプリントなど、それぞれのジャンルごとにデザインのポイントなどが書いてあるところです。入稿データの作り方などだけでなく、デザイン内容についてアドバイスがあるのは珍しいと思います。
プリントアース

オールジャンルな印刷業者です。ノベルティも豊富で、デザイン制作も請け負っています。テクニカルガイドのページに、印刷用語の辞書的なコンテンツがあるのですが、これがとても充実しています。
東京カラー印刷

こちらもオールジャンルですね。特徴的なのは、学校・官公庁系、選挙系の商品の取り扱いがあることです。また、特急対応も充実しているようです。
印刷のウエーブ

こちらもオールジャンル。フェイスペイントや、マルチセーフ壁紙などが特徴的な商品です。ノベルティ・特殊印刷・デザイン制作と、何でもできるようです。
プレストークダイレクト

オールジャンルですが、特にCD関係に強い印刷業者です。通常のジャケットはもちろんですが、紙ジャケットの種類も豊富にあります。
まとめ
ネットプリントの業者の違いは非常に判りづらいです。
知名度やサイトの印象から選ぶか、あとは印刷のクオリティと価格、納期、色校ができるのか、などでの判断になると思います。